Il GSE ha pubblicato due liste: l'elenco A era costituito dagli impianti che potevano accedere nel 2011 al Quarto Conto Energia, mentre dell’elenco B facevano parte gli impianti che avevano fatto domanda di registrazione pur essendo già in esercizio.

Gli errori presenti nel Registro hanno sollevato lamentele da parte di diversi soggetti interessati, mentre il governatore della Sicilia, Raffaele Lombardo, ha denunciato la natura iniqua del sistema introdotto dal decreto del 5 maggio 2011. Secondo Lombardo, infatti, l'istituzione del registro andrebbe a penalizzare gli impianti della Sicilia - dove vige una disciplina rigorosa in materia di solare - e ad avvantaggiare le regioni con una regolamentazione più leggera, come ad esempio la Puglia, che riuscirebbero così a presentare più velocemente le domande.
La richiesta del presidente è quindi quella di sopprimere il registro.

Lamentele sono pervenute anche da parte dell'associazione nazionale del fotovoltaico Assosolare, che ha inviato una lettera al ministro Paolo Romani per denunciarne il malfunzionamento.

Si tratta di “una situazione intollerabile”, secondo Assosolare, “soprattutto perché gli operatori sono stati costretti a una vera e propria corsa alle iscrizioni, per poi scoprire che a tutt’oggi non è ancora disponibile l’elenco definitivo degli impianti ammessi”.

Per l'associazione, inoltre, risulta di “difficile applicazione la norma su moduli e componenti di fabbricazione europea, che danno diritto a un bonus del 10% sulle tariffe incentivanti. Le regole per l’accesso al premio sono state rese note soltanto a luglio e per ottenere le certificazioni richieste occorrono non meno di tre o quattro mesi”.

Il presidente Gianni Chianetta ha pertanto espresso la richiesta di poter essere ricevuto dal ministro per discutere delle possibili modalità tramite cui superare le suddette problematiche e “per consentire al mercato quella continuità indispensabile per uno sviluppo equilibrato”.